四川大学博物馆始建于1914年，其前身为华西协合大学古物博物馆，是西方基督教会在西南地区最早建立的博物馆之一。百年前，从收藏第一件物品——校钟开始（1909年），华西协和大学博物馆就定位为：在成为文物收藏中心的同时，要加强藏品的科学研究，编撰刊物、著作，加强学术交流活动。博物馆同时还将馆藏特色文物进行陈列展览，以供外界各方人士欣赏和研究。
至20世纪50年代，华西协合大学博物馆文物收藏已超过3万件，出版有专刊《华西边疆研究杂志》，还有各类手册丛刊、抽印本丛刊及翻译丛刊等。博物馆不定期的推出特别展览——馆藏灯影展、馆藏古玉展、馆藏佛教雕刻展、馆藏藏画展、馆藏陶瓷展、馆藏古代名纸以及英国刻画展、美国建筑展等。1937年抗战爆发，中央大学、金陵大学、金陵女子大学等华北和南京的高校、学术机构和研究中心经成都迁往重庆，来蓉的学者、教员和学生们成为华西协和大学博物馆的观众。学界泰斗徐中枢、顾颉刚、商承祚、蒙文通、马寅初、朱光潜等知名学者也曾来馆。他们不仅参观游览，还为博物馆文物考古工作提出了很多意见和建议。博物馆推出的各类特别展览还吸引了当时国民党政府要员前往参观，其时，蒋介石、宋氏三姐妹（宋庆龄、宋霭龄、宋美龄）、刘湘、张群等均是博物馆的客人。此外，知名人士王维舟（时任西南民族事务会主任）、陆志韦（燕京大学校长）、李维英（志愿者代表）以及当时社会各界名流也时常在博物馆流连鉴赏。当时社会各界对华西协和大学博物馆的评价颇高——“收藏珍贵之历史遗物甚多，永为西南最完善之博物馆”（“参观华大博物馆”，《成都国民日报》，1933年）。
1952年高校院系调整，华西协和大学古物博物馆划归四川大学，更名为“四川大学历史博物馆”。在此期间，郭沫若先生、启功（著名书法家）、王辉（北京文物博物馆研究所所长）、刘九庵（故宫博物院）、李政道（物理学家、诺贝尔奖获得者）等知名学者和专家来馆参观、交流及进行藏品鉴定工作。全国各省市及各地高校来馆参观调研的数不胜数。同期，博物馆购入大量珍贵文物，尤其以书画艺术品数量最多。
1984年，博物馆正式命名为“四川大学博物馆”，馆藏文物4万余件套。博物馆在保证教学科研服务的同时，积极改造陈列，当时由教育部拨款改造了民族学、民俗学、葬俗艺术、书画、石刻艺术、教学参考等六个陈列室。新的陈列在展示上突破了传统的通史陈列方式，以艺术化的复原式陈列，突出展品的原生环境，使展品的艺术性、科学性得到很好的展现，给观众以赏心悦目的欣赏空间。新颖独特的展览吸引了校内外师生以及社会民众的踊跃参观，四川大学博物馆成为当时来川访问、交流和学习的国内人士的一个重要文化交流平台，吸引了诺罗敦·拉那烈（柬埔寨王国国王）、北鲁宾先生（苏联驻华使馆一等秘书）、竹下虎之助（日本广岛县知事）、戈尔（美国前副总统）、曹俊汉（台湾中流文教基金会董事长）、杨振宁（著名物理学家、诺贝尔奖获得者）以及美国密执安州政府代表团等来博物馆参观访问。川大博物馆的展览创新在中国博物馆界引起很大反响，著名考古文物学家贾兰坡、秦学圣、夏鼐、苏秉琦、宿白、张文彬等先后来博物馆指导工作。1987年6月，国家文物局在川大博物馆召开了“全国民俗文物工作座谈会”，全国各大博物馆应邀参加，他们对博物馆的民俗藏品展陈及民俗学研究给予高度评价。同年，博物馆研究室开始不定期编辑出版大型学术专刊《南方民族考古》，很快成为国内外知名的重要学术刊物。川大博物馆一时学者云集，成就斐然。
2005年，四川大学博物馆新馆建成，总建筑面积达14000平方米，其中展区面积近8000平方米。新馆展陈设计在汲纳原馆展示风格的基础上，推陈出新，充分运用现代声、光、电等多种辅助手法营造气氛，开辟出考古学陈列、石刻艺术陈列、民俗学陈列、民族学陈列、古代瓷器艺术、古代服饰艺术、书画艺术等七个特色馆/厅，共展出文物近2,000件。新馆展陈在展馆设置和展品选择上，更注重再现川大博物馆作为西南民族民俗文化收藏和研究中心的特点，更注重发挥为四川大学学生教学实习服务的功能，更发挥博物馆作为爱国主义教育基地和科普教育基地的作用——面向全社会开放。
四川大学博物馆是川大文化交流与宣传的窗口，是展示学校悠久历史、办学综合实力的平台，来校访问交流的国内外高校负责人、著名教授、学者、学生团体以及社会名流都会应邀来川大博物馆参观。近十年来，博物馆 接待中外来宾25万余人次，其中包括拉特纳西里·维克拉马纳亚克（斯里兰卡总理）、安泰毅（以色列驻华大使）、Phylis M. Wise（美国华盛顿大学常务副校长）一行、美国田纳西大学校长Jimmy Cheek（美国田纳西大学校长）、Pia Wood（美国田纳西大学副校长）、Elizabeth Hendrey（美国纽约皇后大学外方学校首席运营官）、李百炼教授（美国北卡罗来纳州立大学负责人）、吴明（韩国建国大学校长）、Dr. Regina Lázaro（西班牙公立萨拉戈萨大学副校长）以及澳大利亚蒙纳士大学校长、美国鲍尔州立大学LAB爵士乐团、新加坡理工大学代表团等等。此外，敬一丹（央视著名新闻节目主持人）、阮次山（香港凤凰卫视台著名评论员）、陈昌智（中国人大副主任）、滕文生（国际儒学联合会常务副会长）、何继善院士（海协会副会长）、朱和平少将（朱德孙子中国人民解放军空军指挥学院院长）等也先后来馆参观，指导工作。作为学校教学、科研的重要基础资源库和师范基地，四川大学博物馆还接待了来校检查、指导工作的教育部本科教学评估专家组、高校学习实践活动组以及教育部各部司领导和专家。
百年铸名馆，世纪藏珍品，从华西协和大学时期开始，川大博物馆就不仅仅是一个单纯的文物收藏机构，还是西南地区考古、艺术和人类学研究的中心。一百年来，经过几代学者同仁的不懈努力，今天的四川大学博物馆，已成为全国高等院校中最重要的综合性博物馆之一，在文物收藏、陈列展览、学术研究、对外交流合作等方面均取得了令人瞩目的成就，四川大学博物馆正焕发着前所未有的蓬勃生机。
